当前位置:首页 >基因检测 >希望组汪德鹏:“源代码级”创新,赋能三代测序走上新台阶
希望组汪德鹏:“源代码级”创新,赋能三代测序走上新台阶
2021-09-01
微信图片_20210901155625.png


Q1

据报道,在北大毕业之后,创立希望组之前,您并没有从事生命科学专业相关工作,您当时的想法是什么?这段“行走江湖”的经历对您从事测序行业产生过什么影响吗?

我先是做了两三年医疗行业的销售,之后做了两年左右的计算机网络管理。后来,在备考注册会计师和注册税务师期间,还做了企业管理、投融资管理的工作。那段时间,我的工作比较杂,原因之一是当时生命科学产业的机会特别少,国内也很难找到专业对口的工作,所以我在非专业领域也做了一些尝试和探索。但是我也一直与行业保持非常近距离的观察与尝试的状态,早在2000年,就在不到一年时间参与了华大基因的一代测序的市场推广工作。

这基本上是我创业前“行走江湖”的经历了。其实无论是销售、计算机或是财务方面的工作经历,都对我后来创业帮助颇多。正是如此,和其他许多具有行业相关学术或营销背景的创始人相比,我对创业的风险机遇、行业发展趋势以及创业玩法的理解都大不相同。

Q2


2011年成立“武汉未来组”到2014年成立“北京希望组”,这三年,您是怎么想到要双品牌运营的?

2011年8月8日,我们成立了武汉未来组,前段时间刚好就是未来组的十周年庆,我们其实却没有时间庆祝,全员都在参与武汉新冠大筛查。一开始,我们用未来组的品牌主打科研服务,后来接触到精准医学,发现它在产品研发、营销等的“玩法”跟科研服务截然不同。同时,行业内还存在精准医学和科研服务的能力无法“两手抓”“两手都硬”的问题,所以,为了用三代测序做精准医学,我们在2014年成立了希望组。


精准医学和科研服务的知识结构、团队要求和价值体系不尽相同,所以我们当时分了两个品牌,也就是两个公司来运营——未来组聚焦科研服务,希望组聚焦三代测序精准医学。2019年以后通过希望组统一运营,未来组的品牌暂时保留了下来。等将来有更多精力的时候,我们会在分子育种等农业领域重启未来组品牌。

Q3


您创立希望组的初衷是什么,希望组的企业定位是什么?为何会把目光聚焦于三代测序?

成立希望组,得从2011年成立未来组开始说起。那时我刚离开华大,寻找新的工作机会。但当时我没有海归背景、博士学位等,也不是刚毕业的小年轻,所以工作也不好找。后来干脆就创业了。创业也是第一次没有经验,只能边做边调整,同时还继续寻找机会。不到一年时间,我们找到了三代测序的机会。在2011年创立未来组,专注于三代测序的科研服务;2014年成立了希望组,一直聚焦于三代测序精准医学的技术和应用。不过,三代测序对希望组而言,也仅仅是一个阶段,等现有的业务做实做大后还会发展其他新业务领域。

Q4


目前,希望组的人才布局是怎样的?其管理模式是什么?

公司的人才主要集中在生物信息与大数据、测序技术及其临床应用开发等领域。


希望组在人才管理方面颇具特色——设立了“合伙人制度”。除去一些潜在的合伙人,现在已经拥有10名有限制性股权的合伙人。希望组深入贯彻“合伙人制度”,意在把合伙人团队创造的收益分享、回馈给真正能够创造价值的合伙人。同时,合伙人的团队组成是动态的。一方面,公司在陆陆续续地将内部培养的和外部引进的人才输送到“合伙人”团队中;另一方面,如果后期发现不是很合适的人选,我们也会进行局部调整。希望组的公司网站所展示的核心团队也属于合伙人。公司核心经营团队人数不少,而且对外公布,我们并不担心别人来挖走,他(她)们都是公司的老板。

Q5


希望组作为中国首家三代测序服务公司,有哪些领先之处?发展初期遇到过哪些困难,是如何克服的?

关于希望组在三代测序领域的领先,我总结为三个“首先”:首先在中国尝试三代测序科技服务,并进而推动三代测序精准医学萌芽和发展;在尝试的过程中,发现新技术有不少难点,希望组是首先去突破的;技术突破以后,希望组是首先进行技术应用转化的。这几个不同的环节结合起来,就整体推动了三代测序技术的应用落地。


希望组一路走来,风雨兼程。其实一开始算是一帆风顺,机会巨大,基本没有竞争。比较大的困难主要是当时三代测序的业务很多,但公司高端人才紧缺,机器等硬件数量不够多。中间有一段时间遇到一个很大的挑战,属于技术瓶颈——在采用三代测序进行人类基因组结构变异、串联重复以及基因组组装等研究的时候,因为没有成熟的算法、软件和数据库等工具的支撑,如何精准的处理大量的样本数据,成为了整个行业,也是我们公司的最大挑战。后来,我们解决方法只能是投入大量的经费来做研发,以求能顺利交付项目。但研发过程中经历的重重困难,反而促进我们创造出新的工具,这些工具还能够成为企业竞争的优势。

Q6


随着测序技术的飞速发展,希望组如何推动三代测序产业化,为行业持续注入新的活力?

希望组自成立以来,一直专注做三代测序的服务,进行“源代码级”创新,解决三代测序的技术和应用的难题。

比如,2017年希望组的首席生信技术官胡江带领团队研发出专注于三代测序(Nanopore、PacBio)基因组组装软件——NextDenovo。针对Falcon、Canu等现有三代测序数据组装软件存在的不足,如纠错需要大量的时间和计算资源、组装得到的基因组序列仍存在不少错误,该组装软件具有高效纠错、组装完整度更高等优势。将其组装结果结合NextPolish进行二轮数据polish,可使平均碱基准确度达到99.99%以上。目前NextDenovo/NextPolish免费开放用于学术等其他非商业用途,在Github下载量已经超过1万次。

一方面,希望组应用三代测序等技术在结构变异、串联重复、甲基化修饰、三维基因组学等领域进行研究,在诊断遗传病、罕见病、肿瘤筛查、辅助生殖等领域积累了越来越多的经验,形成技术与应用的良好互动。
另一方面,希望组也在积极参与国家和行业标准的探索与应用,多维度发力,努力推动三代测序产业化。


Q7

希望组未来5-10年的发展规划是什么?

希望组未来5-10年的发展规划主要分四大方面。

(1) 创新型多组学科技服务:行业里面很多基于成本的科技服务,规模还不小,我们的目标是创新型科技服务,在三代测序的单细胞、全长转录组、表观组学、三维基因组学、微生物组学等领域推出创新型的科技服务,我们认为科技服务是国家科技创新战略的重要辅助,极具战略价值。

(2) 源代码级生物信息工具:行业里部分公司生物信息系统开发是居于“流程级”开发,我们在三代测序“源代码级”开发算法和软件,用C/Rust写低层代码,在NextDenovo之后,推出GrandVariants(包括GrandSV), GrandAIGrandCloud等医学级云原生服务;

(3) 构建三代测序精准医学诊断体系:基于长读长人类基因组数据库dbSV等),推动三代测序在罕见病诊断、辅助生殖、肿瘤基因诊断与筛查等领域的LDT服务;其中包括如何解决数据分析、数据库构建、变异筛选、报告解读、结构和功能验证等领域,积极参加并推动质量标准、专家共识和行业指南的工作;

(4) 长期投入三代测序仪国产化,以及相关诊断试剂的产业化,在三代测序先进制造技术领域建立技术创新的价值。

Q8


在肿瘤诊断方面,三代测序技术扮演了什么角色?您对肿瘤基因检测市场怎么看?

三代测序技术在肿瘤诊断中具有不可替代的作用。尽管在三代测序的发展前期,由于工具的缺乏和成本因素,其研究和探索之路充满了挑战,但现在三代测序在肿瘤基因检测领域,已经开始布局了。


肿瘤基因检测市场发展前景巨大,但我认为其中也有很多“坑”。
而这个“坑”是什么呢?是人云亦云,没有原创,或者原创技术不够独特,乃至不能解决真正的临床问题。只有能够自主创新、形成独特且有价值的技术的企业才能不掉进“坑”,抓住机遇,并在千军万马的市场里站稳脚跟。

Q9


目前三代测序的应用场景有哪些?在精准医疗领域,其潜力如何?有什么困难?

三代测序的应用场景,我总结了八个:
(1) 基因组组装 
(2) 罕见病诊断
(3) 全长转录组
(4) 单细胞测序
(5) 肿瘤筛查
(6) 微生物组
(7) 辅助生殖
(8)药物基因组学


目前发展较为成熟的两个场景是基因组组装和全长转录组,行业部分大公司也在做。此外,三代测序在罕见病诊断领域也极具潜力,或将成为三代测序的蓝海应用场景。希望组在该领域耕耘了六年,预计今年推出新的三代测序罕见病诊断服务。

当然,三代测序在每个领域还有很多应用,具有巨大的发展潜力。它的潜力是逐步释放的,释放的时机取决于工具解决得好不好。这个工具包括算法、软件、数据库,以及配套的生物技术。现在三代测序领域的升级换代特别快,工具需要不停地调整,跟上技术发展的步伐。

另外,成本的突然下降,有可能使三代测序产生跳跃式的发展。所以,三代测序想要在以上应用场景中实现快速发展,比如肿瘤筛查,成本是一个难点,也是最关键的因素之一。不过相信三代测序随着应用更加广泛,成本问题的解决只是一个时间问题。
Q10您在基因测序行业工作了二十年,历经一、二、三代测序技术的发展。请问三代测序的发展进程是怎样的?相较于二代测序,三代测序的突出特点是什么?未来三代测序有希望成为市场主流吗?


基因测序发展到现在,已经少有人用二代测序做基因组组装,因为这个机会被三代测序几乎完全抢占了。基因组组装是三代测序的第一个大机会。与二代测序相比,三代测序具有长读长的突出特点,不必经过PCR扩增,能够能有效解决基因组结构变异等问题,这也是三代测序的优势所在。尽管前期没有很好的生信分析工具,三代测序成本偏高,从而导致应用受限,但现在三代测序已经基本解决测序的错误率问题,成本也已经达到了临床应用可及的水平,可以预期临床应用的序幕已经拉开。


二代测序和三代测序的替代之争一直受到大家的关注,在我看来,没有哪个技术能够一直是主流,最好的技术永远是能够解决实际问题的技术。因为长读长,三代测序具有更完整的基因组序列信息,基于此,它便能解决很多二代测序所不能解决的问题。所以,随着技术的发展进步,三代测序很有希望成为测序市场的主流。
微信图片_20210824173836.jpg

2021年9月10日,南方医学网、基因谷、早筛网等行业媒体联手举办“2021基因检测行业发展高峰论坛”。届时将邀请行业专家和企业精英一同,共探基因检测行业发展前景,解决基因检测技术难题。本次论坛汪总也将到会分享主题“基于三代测序的大数据诊断技术与应用”,敬请期待!


↓↓扫描二维码即可快速报名↓↓

微信图片_20210824173840.png


商务合作:

  • 陈老师13425578893

  • 何老师13560173890

  • 张老师13829759040

  • 邮箱:chuting.zhang@zaodx.com


媒体合作:黄老师18200658592

会务联系:张老师15975405160


微信图片_20210824173845.jpg